（一）细胞核的染色

细胞核的主要化学成分是核酸和蛋白质。蛋白质分子中的氨基酸残基含有酸性基团或碱性基团，它可以与染料分子以离子键，氢键或配价键结合。蛋白质的两性电离受环境的pH值影响。核酸包括DNA和RNA。核酸是由单核苷酸连接成的大分子。在DNA双螺旋结构中，两条核酸链上的磷酸基向外，并电离为负离子使DNA双螺旋的外侧带负电荷。因此容易和带正电荷的碱性染料以及媒染染料以离子键或氢键相结合。染色体的主要成分为呈酸性的DNA、和RNA，在染色体环境（pH为7.5-7.8），呈酸式电离，带负电，易被电离后带正电荷的碱性染料染色。核质的主要成分为碱性蛋白质，电离后带正电荷，易被负电荷的酸性染料染色。而核仁具有酸碱两性的性质。

（二）胞浆染色

胞浆的主要化学成分是蛋白质，其次是RNA和脂蛋白质等，多为两性化合物。胞浆的等电点大约在pH4.7-5.0。胞浆的染色与pH值密切相关。当pH值在3.6-4.7之间，恰好胞核带负电荷为碱性染料染色，胞浆带正电荷为酸性染料染色，使胞核和胞浆区分开来。染色浆带正电荷为酸性染料染色，使胞核和胞浆区分开来。

（三）胞膜的染色

细胞膜的主要成分为类脂和蛋白质，形成流动镶嵌脂质双层结构。膜的外表面分布有糖脂、磷脂和蛋白质，带负电荷，易被碱性染料染色。